La CNE a pour mission d'informer sur l'état de la recherche médicale, d'évaluer les retombées sociales et les enjeux éthiques des biotechnologies dans la médecine humaine tout en menant une réflexion éthique globale (cf. loi sur la procréation médicalement assistée [LPMA]). 

• La CNE est un comité d'experts indépendant. A ce titre, elle analyse en détail les questions éthiques et analyse les libertés civiles et les droits sociaux fondamentaux en tenant compte de la tradition démocratique de la Suisse.
• Elle produit le résultat de ses analyses à l'intention du Conseil fédéral, du Parlement et de la population. Elle n'anticipe pas les décisions du législateur mais prodigue des conseils au monde politique.
• La Commission ne prend pas position sur des projets de recherche en particulier ; cette tâche incombe aux commissions d'éthique cantonales.
• La commission ne se prononce pas sur des cas individuels. Elle ne conseille pas non plus les particuliers en cas de conflit avec des institutions de santé ou des services sociaux.