Die NEK hat den Auftrag, über den medizinischen Forschungsstand zu informieren, die sozialen Möglichkeiten und ethischen Probleme der Biotechnologien im humanmedizinischen Bereich zu erkennen und zu thematisieren und damit zu einer umfassenden ethischen Urteilsbildung beizutragen (siehe Fortpflanzungsmedizingesetz FMedG). 

• Die NEK ist als unabhängiges Expertengremium geschaffen worden. Ihre Stellungnahmen zielen darauf ab, ethische Themen umfassend zu analysieren und mit Blick auf die demokratischen Traditionen der Schweiz, ihre bürgerlichen Freiheiten und sozialen Grundrechte zu erörtern.
• Die Kommission formuliert ihre Erörterungen zuhanden von Regierung, Parlament und Öffentlichkeit. Sie nimmt die Entscheidungen des Gesetzgebers nicht vorweg, sondern hat die Funktion, die Politik zu beraten.
• Die Kommission hat nicht die Aufgabe, zu einzelnen Forschungsprojekten Stellung zu nehmen; diese Aufgabe fällt den kantonalen Ethikkommissionen zu.
• Die Kommission nimmt nicht Stellung zu Einzelfällen. Sie berät auch keine Privatpersonen bei Konflikten mit Gesundheitsinstitutionen oder Sozialdiensten.