Die Geschäftsstelle wird durch das Kommissionspräsidium in Absprache mit dem Bundesamt für Gesundheit (BAG) besetzt und ist diesem administrativ angegliedert.

Die Geschäftsstelle ist unter anderem verantwortlich für

• die fachliche und administrative Unterstützung der Kommission
  und ihrer Arbeitsgruppen;
• die Umsetzung, Vor- und Nachbearbeitung der Beschlüsse
  der Kommission und 
• die Früherkennung neuer Themen.
  
  

Die Geschäftsstelle fungiert als Auskunftsstelle gegenüber der Öffentlichkeit und fördert die Sichtbarkeit der NEK-Position. Sie stellt die Verbindungen zur Öffentlichkeit, zu Institutionen und Medien auf lokaler, nationaler und internationaler Ebene sicher und nimmt eine Schnittstellenfunktion in Bezug auf Behörden und Verwaltung, namentlich zum BAG, ein.